College of Life Science

 

 

 TC1

基因體與轉錄體

Genomics & Transcriptomics


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技術流程

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成果報告

平台公告

Introduction

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TC1 平台概述

TC1/2 平台提供可援基因體學研究的各項服務來源,包含括基因晶片之製作和獲得、基因晶片的雜交、基因晶片掃瞄、以及初步數據分析和資料庫比對。基因晶片可以是購買預製好的基因晶片商品,也可以自行設計再以微陣列點片機製成基因晶片。藉由平台的技術支援, 期能提供本校研究者快速而有效的基因體學研究。因樣本來源涉及 RNA 的製備與應用,因此把原先規劃為 TC2 有關 RNA 表現的轉錄體平台,與 TC1 合併在一起管理。

 How to apply?    常見問題

 


TC1 技術流程

TC1 中文流程圖所有 TC 服務流程


 淡藍色 = 平台主要服務    淡紅色 = 送外服務    深綠底色 = 其他 TC 平台    深紅底色 = 外部平台


TC1 項目清單  

服務編號

服務名稱

管理人員

配合課程

校內收費

說明

附件

TC1-A10

Affymetrix 系統

高毓鄖

 

外部服務

冷泉港 代理

 

TC1-B10

基因晶片

高毓鄖

*

外部服務

   

TC1-B20

DNA 定序

高毓鄖

 NEW  

外部服務

生技中心 收件時間 09:00

明欣公司 收件時間 16:00

申請單(doc)

申請單(pdf)

ReadMe(pdf)

TC1-C10

mRNA 純化

高毓鄖

生物技術核心實驗

     

TC1-C20

螢光標定

高毓鄖

*

     

TC1-C30

雜合反應

高毓鄖

*

     

TC1-C40

晶片掃描

高毓鄖

*

   

C40(pdf)

TC1-C50

分析數據

高毓鄖

*

 

包含於 晶片掃描 服務中

 

TC1-C60

晶片後處理

高毓鄖

*

 

 

 

TC2

生物資訊學

         

TC1-D10

序列設計

高毓鄖

*

外部服務

   

TC1-D20

DNA 合成

高毓鄖

*

外部服務

 

 

TC1-D30

晶片製作

高毓鄖

*

外部服務

台大醫學院卓越研究中心

 

 

   

 

 

或其他可靠廠商

 

TC1-E10A

Real-Time PCR (A)

高毓鄖

Workshop 講義

 

本機移置生技系 TCX-C

E10 (pdf)

TC1-E10B

Real-Time PCR (B)

高毓鄖

Workshop 講義

 

第二台 (2009/02)

E10 (pdf)

TC1-E10C

Real-Time PCR (C)

高毓鄖

 

 

 

E10C (pdf)

TC1-E10D

Real-Time PCR (D)

高毓鄖

 

 

 

TC1-E20

NanoDrop

高毓鄖

 

 

 

E20 (pdf)

TC1-B100

高通量定序服務

蕭君儀

 

 

 

 

TC1-B101

毛細管電泳

高毓鄖

 

 

 Agilent Bioanalyzer 

申請書(doc)

 

   

 

 

 

 

 * 1. 暑期生物技術課程  2.生物晶片 相關課程 3.其他生物資訊相關課程

 TC 全部儀器器清單

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TC1-C40 晶片掃描系統

使用注意事項:

1) 本系統僅提供晶片掃描與軟體分析功能,不負保管資料之責任,使用者請利用卸除式硬碟將圖像、資料報告帶回。

2) 適用 1” × 3” (26 × 76 mm) 標準玻片,Cy3 / Cy5 染劑。

3) 使用前先洽詢 平台技術員,預約使用時段。

4) 自行操作者需經平台認證,通過後亦得申請指紋門禁系統。

5) 確實於使用登記表上登入、登出。

6) 若需更改掃描系統參數,請另存設定檔,嚴禁修改其他軟體預設值。

7) 儀器異常時立即通知平台技術員。

 

 規格  

 1) 解析度:5, 10, 20, 40, 60, 80, 100 µm/pixel。

 2) 雷射光源波長:532 nm, 635 nm。

 3) 濾鏡:550~600 nm (Cy3 dye); 655~595 nm (Cy5 dye)。

 4) 掃描時間:每玻片約 7 min。

 5) 可載入商用晶片資料,連同輸出染劑螢光強度比值。

 6) 輸出 JPG, TIF 影像格式,TXT 掃描結果報告。

 

   

TC1-E10 Real-Time PCR (B)~(D) (溫度梯度核酸即時定量偵測系統) 

使用注意事項:

 1) 每日開放三個時段可預約 (週一至週五 9:00~12:00, 12:00~15:00, 15:00~18:00),每一時段請勿超時使用。夜間及假日使用權限需另外限額申請。

 2) 第一次使用前,歡迎與本平台技術員討論上機細節。

 3) 適用於 (Low-profile) 96-well PCR plate 或八連排,上述耗材及藥劑請自行準備。

 4) 使用前需暖機 10 min 以上方可使用,前 10 min 可先來電請管理者開機。

 5) 請確實登記使用紀錄表,包括登入及登出時間。

 6) 欲取消預約者,請最遲於該時段前 24 小時通知本平台技術員。

 7) 本平台不負責資料保存,將定期清除硬碟中的檔案。所以每次實驗完畢後,請自行存取結果。

 8) 可與本平台登記借用 Real-Time PCR 分析軟體。

 

為因應儀器保養維護成本,本儀器將收取使用費,並於 2011/02/21 實施。

 

服務編號

服務名稱

收費方式

管理人員

TC1-E10A

Real-time PCR A (移至 TCX-C)

100/時段

高毓鄖

TC1-E10B

Real-time PCR B

TC1-E10C

Real-time PCR C (CFX96)

TC1-E10D Real-time PCR D (CFX384)

 

TechComm 預先採購部分耗材,零售予使用者的單價如下:

 

單位\耗材

96 孔盤

384 孔盤 封膜 八連排 八連排蓋
生科院內 200 360 70 400 200
生科院外 250 400 100 450 250

 

TC Booking!   線上預約


 規格  TC1-E10B

 1) 型號 BIO-RAD MyiQ

 2) 單色濾鏡 (Excitation: 475~495 nm, Emission: 515~545 nm)

 3) 適用螢光物質:FAM 及 SYBR Green I

 Workshop 講義  

1) TC1-E10-082008a.pdf (Introduction)

2) TC1-E10-082008b.pdf (iQ5 software)

3) MyiQ 操作手冊

   

 規格  TC1-E10C、TC1-E10D

 1) 型號 BIO-RAD CFX96 (96 孔)、CFX384 (384 孔)

 2) 可激發光:六色 LED

 3) 可檢測波長範圍:450-730 nm

 4) 最多可同時偵測五種目標物

 文件  

1) CFX96 操作手冊

   

TC1-E20 全光譜微量分光光度分析儀  (NanoDrop) 

下載安裝程式 http://www.nanodrop.com/Support.aspx?Type=Software&Cat=NanoDrop%201000 

使用注意事項:

 1) 凡第一次使用者,請先洽詢平台技術員以預約使用時段。

 2) 每次使用完畢後請確實清潔底座,以免因殘留造成污染而影響下次實驗。

 3) 請確實登記使用記錄表,包括登入與登出時間。

 4) 本平台不負責資料之保存,所以每次實驗完畢後,請自行存取結果。

 5) 操作完畢後請維持桌面整潔以方便下一個人的使用。

Thermo Scientific

 規格  

型號:ND-1000

適用波長:220 ~ 750 nm

樣本體積:1.5 ~ 2 mL

濃度範圍:2 ng ~ 3700 ng /mL

輸出格式:Excel

   

 


TC1-B101 毛細管電泳  (Agilent Bioanalyzer) 

使用注意事項:

 1) 使用前必須繳交使用申請書,其內容需填寫使用晶片種類並經由指導教授簽章。

 2) 本平台目前備有三種晶片,分別為 DNA 1000、RNA nano 6000、small RNA,可自行準備晶片或先向本單位借用後繳費。

 3) 可與本平台登記借用 bioanalyzer 分析軟體。

 4) 使用前需暖機 30 min 以上方可使用,前 30 min 可先來電請管理者開機。

 5) 本平台不負責資料保存,將定期清除硬碟中的檔案,請於每次實驗完畢後,請自行存取結果。

 6) 第一次使用前,歡迎與本平台技術員討論上機細節。

Agilent Bioanalyzer

 規格  

型號:Agilent 2100 bioanalyzer

適用晶片:Agilent LabChip® Kits

輸出格式:PDF

種類

 

晶片價格

使用費

小計

RNA 6000 Nano

1500

500

2000

RNA 6000 Pico

1800

500

2300

Small RNA

2200

500

2700

DNA 1000

1400

500

1900

HS DNA

2500

500

3000

 

 

 

 

 

 

   

 


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